少年三国志2近期新增了幻紫武将培养系统，该系统要求玩家将主角等级提升至40级后方可解锁。幻紫功能允许对符合条件的武将进行特殊培养，通过消耗特定资源提升武将属性上限并解锁新的成长路径。该系统与原有培养体系形成互补，为武将养成提供了更多策略选择空间。
新增的灵契养成系统实现了武将与神兽的深度联动。玩家可通过该系统与特定神兽建立契约关系，激活专属战斗加成效果。灵契系统包含多个成长阶段，需要消耗特殊道具进行强化，不同神兽提供的属性加成和战斗特效存在显著差异，合理搭配可显著提升阵容战斗力。
游戏引入了灵山问道策略副本玩法，该模式包含多层挑战关卡，每关需要针对敌方阵容特点调整战术。副本中设置了特殊地形机制和回合限制条件，通关后可获得稀有养成材料。该玩法强调阵容搭配的灵活性和技能释放时机，高阶关卡需要精确计算伤害数值和技能冷却时间。
兵符系统新增了升星和强化双轨养成路径。升星需要收集特定兵符碎片，可提升合击技能效果和全体武将属性；强化则依赖兵符精华与铸造石，能增强基础属性加成。该系统突破了原有阵容限制，使低星级武将通过兵符搭配也能发挥战略价值，为战斗提供了更多变数。
战法系统扩展了紫金品质战法的获取渠道，新增了具有清除控制效果和群体治疗功能的太公六韬等高级战法。战法重生机制得到优化，现在可返还全部培养材料，降低了试错成本。不同品质战法的图鉴属性加成都进行了重新平衡，红色战法在特定阵容中仍具有实用价值。
时空外传副本新增了宝箱探索机制，玩家需要在限定回合内完成隐藏任务才能获取全部奖励。副本中加入了动态难度调节，会根据队伍平均战力自动匹配敌人强度。该模式延续了系列特色的剧情叙事，通过碎片化叙事补充了主要角色的背景故事。
