获得三岛通行证后，玩家可乘船前往一之岛至七之岛区域探索。通行证需在枯叶市码头与船长对话触发剧情后获取，随后在宝可梦网络中心与正辉及阿锦完成对话任务才能正式启用。登船前需确保队伍中有冲浪和怪力术的宝可梦，部分岛屿地形需要特定技能才能通行。一之岛的灯火山是捕捉火焰鸟的关键地点，而三岛则涉及树果森林的支线任务，需提前准备解毒药和喷雾剂应对野生宝可梦。
一之岛的网络中心是通行证激活的核心地点，与阿锦对话可获得陨石道具，这是后续解锁二之岛仓库密码的必要物品。灯火山顶层的火焰鸟等级较高，建议携带水系或岩石系宝可梦应对其火属性技能。通过灯火温泉的老爷爷可习得HM06岩石粉碎，用于清除挡路巨石。二之岛的游戏厅隐藏火箭队基地线索，需击败看守海报的成员才能进入地下通道。
三岛任务围绕寻找失踪女孩展开，需在树果森林击败或收服挡路的素利拍。森林内分布多种树果和道具，建议携带足够球种捕捉稀有宝可梦。歧波海湾的训练家会传授爆炸燃烧等强力招式，但需注意其宝可梦等级普遍偏高。完成二之岛陨石交付后，三岛港口会开放前往四岛的航线，需返回一之岛与正辉汇合推进主线。
四岛至七岛需逐步解锁，每座岛屿均设有独特剧情和神兽捕捉点。四岛的冰洞窟需用闪光术照明，内部急冻鸟需在洋流被岩石堵住后出现。五岛仓库密码分两部分获取，分别来自火箭队成员和六岛地下基地。七岛的洛奇亚位于洞穴深处，需按特定路线推石才能抵达。通行证使用期间建议定期返回红莲岛补给，部分岛屿无宝可梦中心需依赖道具恢复。
