种子的发育是游戏进程中的关键环节，涉及多个步骤的交互与解谜。种子需要通过特定道具触发生长，例如将化石蛋放入工厂的碾压机获得种子后，需在时间机器协助下回到过去交给少年种植。这一过程不仅需要玩家合理利用时空穿梭机制，还需结合场景中的线索完成物品组合与任务链。
种子的发育与游戏中的时间系统紧密关联。玩家需在现在与过去两个时间线之间切换，观察环境变化对种子生长的影响。回到现在时间线后，种子已长成大树，可攀爬进入飞船区域。飞船门密码的线索隐藏在工厂左侧房间，需通过解谜获取。这种非线性叙事设计要求玩家具备较强的逻辑推理能力与全局观察力。
神庙区域的石像谜题是种子发育后的延伸挑战。玩家需按照岛上石像眼睛对应的方向排列符号，最终获得蓝色能量块。该能量块需投入飞船驱动系统，与种子发育形成的生态链共同构成游戏结局的关键要素。部分道具如绿色药水需通过拼图获取，用于复活外星人获取组合线索。
游戏通过种子发育机制展现了独特的生态循环设计理念。从化石蛋破碎到种子培育，再到参天大树形成，整个过程贯穿多个核心场景。玩家需持续关注背包物品的联动使用，例如异形块需放入飞船二楼装置获取红花。这种设计强化了道具与场景的耦合性，使解谜过程具有更强的叙事连贯性。
最终阶段的火箭发射需要整合种子发育过程中收集的所有关键物品。金色石饼需放入神庙密室，配合能量块完成飞船启动。游戏通过种子生长这一主线，将工厂、灯塔、码头等分散场景有机串联，形成完整的解谜闭环。玩家需保持对细节的敏锐观察，才能高效推进种子发育相关的所有环节。
