口袋妖怪绿宝石的进化系统是游戏核心玩法之一，合理利用进化机制能显著提升队伍战斗力。初始宝可梦如妙蛙种子、小火龙、杰尼龟分别在16级、32级和36级完成最终进化，而Mega进化则需要对应进化石和Mega手环的支持。进化石通常分布在地图特定位置或通过NPC获取，例如喷火龙石X/Y、水箭龟石等关键道具需在后期剧情中收集。部分宝可梦如伊布需通过不同进化石实现多形态分化，雷之石、火之石等道具的合理分配直接影响队伍构建效率。
Mega进化作为战斗系统的关键突破点，需满足双重条件：背包携带Mega手环且宝可梦装备专属进化石。可超进化的13种宝可梦包括大针蜂、暴鲤龙等经典角色，战斗时通过菜单键触发形态转换。该形态不仅提升基础属性，部分宝可梦还会改变属性组合，例如喷火龙X形态将从火/飞行系转为火/龙系。建议优先培养妙蛙花、喷火龙等具有双Mega形态的宝可梦，以适应不同战术需求。
特殊进化方式需重点关注亲密度机制与环境条件。皮丘进化需达到220点亲密度，通过携带安逸之铃或参与256步行走可加速该过程。丑丑鱼进化则依赖美丽度系统，需喂食12、22、27号果实制作的方糖直至数值临界。通信进化在茵郁市精灵中心右下角完成，金属膜等特殊道具的配合使用能解锁钢系宝可梦的最终形态。百变伊布需装备安神的原核消除副作用，其变换自如特性可随技能切换属性。
孵蛋系统是获取高个体值宝可梦的重要途径。将两只同蛋组宝可梦寄存在饲养屋后，行走约2000步可孵化精灵蛋。火焰身躯特性宝可梦置于队首能缩减50%孵化步数，配合16倍速自行车可两分钟内完成孵化。神兽蛋需在随意镇购买并存档刷取理想性格，不变石能50%概率遗传母方性格。注意种族值相近的宝可梦才具备繁殖能力，百变怪可作为通用配偶使用。
后期培养应注重技能组合与属性互补。建议将龙系宝可梦如双斧战龙保留至通关后使用，其龙爪技能对NPC有显著压制效果。钢铠鸦的扑击技能可针对飞行系道馆，始祖大鸟的飞行宝石搭配杂技技能能秒杀多数敌人。达摩狒狒的强行特性配合生命玉可提升30%伤害输出，但需注意其脆弱防御属性。合理运用这些进化策略，能有效应对游戏中的高难度战斗。
